Все 16 самолётов МиГ-29, имевшихся у Союзной Республики Югославия, были сведены в 127-ю истребительную эскадрилью 204-го истребительного авиаполка (аэродром Батайница возле Белграда). Они ограниченно использовались против авиации НАТО, совершив за весь период конфликта в общей сложности 11 боевых вылетов. В ходе вылетов на МиГ-29 периодически происходили отказы бортового оборудования, что затруднило ведение воздушных боёв и стало причиной послевоенного разбирательства. После того, как 4 мая в воздушном бою погиб командир 127-й эскадрильи полковник Миленко Павлович, вылеты на перехват пилотируемых самолётов противника прекратились.
По некоторым данным, всего за время войны пилоты МиГ-29 одержали 6 воздушных побед[источник не указан 961 день]. В ряде источников (в том числе у российского автора Владимира Ильина и аргентинского Диего Зампини) утверждается, что одной из них стало уничтожение 27 марта самолёта-«невидимки» F-117 и что эта победа была записана подполковнику Гвоздену Дюкичу. Согласно данным официального сайта МО Сербии, F-117 был сбит зенитно-ракетной батареей под командованием Золтана Дани. Как сообщает сербская газета «Политика», «Гвозден Дюкич» — это боевой псевдоним, использовавшийся Золтаном Дани в ходе войны. Собственные потери оказались значительными: всего было потеряно 11 МиГ-29, из которых 6 сбито в воздушных боях и 5 списано по разным причинам (в основном уничтожены на земле; подробную информацию о потерях югославских самолётов см. в статье Список потерь авиации сторон в ходе войны НАТО против Югославии (1999)). Погибли капитан 1-го класса Зоран Радославлевич и полковник Миленко Павлович; майорам Аризанову, Николичу, Тесановичу и подполковнику Перичу удалось благополучно катапультироваться.